没有哪个更好，只能说哪种更适合您，这个问题只能做一些非常简单的比较：

1、就东西方文化而言，一种是西方文化，另一种是东方文化。这取决于您喜欢哪一个，但是无论是在加拿大还是日本，要融入当地人的生活都不是那么容易。
2、在日本找工作相对容易，但在加拿大却有点困难。但是日本面临着巨大的工作压力，但其收入却比加拿大略高。
3、两国的教育质量都很好。日本特别珍惜儿童，因为其出生率低，并且对中国儿童特别友好。
4、在生活方面，加拿大人口稀少，气候较冷。一些基本的便利服务不如日本，但税收压力却不如日本。在饮食方面，日本离中国更近，生活节奏也不是那么快，回国比较容易。加拿大的房子比日本的房子宽敞，生活节奏较慢，自由度更高。短期内您会感觉良好，但长期居住将需要一些时间来适应。
5、加拿大是一个传统的移民国家。曾经在国人中很受欢迎。在近两年中并没有那么受欢迎了。因为去的人多，所以容易抱团，但是学语言就比较费劲了。日本已逐步开放其移民政策，与5年内居住满2年的移民监狱相比，日本更容易满足申请条件，并且可以更快地获得永久居留权，并且没有语言要求。日常生活中大多数常用的汉字都有，有很多你一看就懂，融入很快。
6、日本的社会福利和加拿大的社会福利都很好，但是就老年人的生活而言，日本更注重人情味、老年的精神娱乐、退休金都很富足，前提是年轻时多交年金。
7、日本的社会保障非常好，犯罪率极低，卫生环境比加拿大好。但是，日本是一个非常平均的国家，不能像加拿大有更多出人头地的机会，一个工作一干可能就干到退休。
8、移民日本更多的是花时间移民，并不像加拿大砸银子就好使。在日本随便做个生意也就算达到入门级移民门槛了。您需要做的是拥有良好的品行和有自己养自己的能力而已。
类似的泛泛比较还有很多，想要具体得，就得具体以你当前的语言能力、工作能力、人生规划、养老生活需求等等来具体分析。不过真的等你到了国外，生活一段时间，看到了不一样的世界，其实你就会体会到入籍其实没那么重要，有了生活的本领，只不过是在国外安了个家，一个永住其实就足够了。